Выделяется 5-6 подвидов. Северо-японский подвид с о-ва Хокакайдо N. p. albus в настоящее время часто включается в другой японский подвид N. p. viverrinus, однако японские биологи, гораздо лучше изучившие местных енотовидных собак и имеющие гораздо больше доступного материала, продолжают считать подвид отдельным. Мало того, сейчас поднимается вопрос о придании viverrinus статуса самостоятельного вида, имеющего 2 подвида: albus и viverrinus.

Дискуссия о том, насколько правомочно выделять в отдельные подвиды N. р. ussuriensis, N. р. procyonoides и японский подвид N. р. viverrinus все еще не закончилась. Выявлено, что интродуцированные в Европу дикие енотовидные собаки обладают набором 2n = 54+4B хромосом, японская доместицированная форма N. рrocyonoides (тануки) имеет хромосомный набор 2n = 38+2–5B. 

Объединенная группа исследователей из Института клеточной и молекулярной эволюции Китайской академии наук, Института цитологии и генетики СО РАН (Новосибирск), Кембриджского университета (Великобритания) показала, что подвид из Юго-Восточного Китая (N. р. procyonoides, 2n = 54+2–3B) и японский подвид (N. р. viverrinus, 2n = 38+3–4B) в результате большого различия в наборе хромосом формально достигли статуса отдельных видов.

                              Nyctereutes procyonoides albus (Beard, 1904)

                              Nyctereutes procyonoides koreensis (Mori, 1922)  

                              Nyctereutes procyonoides orestes (Thomas, 1923)  

                              Nyctereutes procyonoides procyonoides (Gray, 1834)  

                              Nyctereutes procyonoides ussuriensis (Matschie, 1907)  

                              Nyctereutes procyonoides viverrinus (Temminck, 1838)

Литература

1. Ward O. C., Wurster-Hill D. H., 1990. Nyctereutes procyonoides / MAMMALIAN SPECIES No. 358, pp. 1-5. Published 23 October 1990 by the American Society of Mammalogists

2. Nie W., Wang J., Perelman P. et al. "Comparative chromosome painting defines the karyоtypic relationships among the domestic dog, Chinese raccoon dog and Japanese raccoon dog" / Chromosome research. 2003. V. 11. № 8. P. 735–740.

3. Лапа П., Лапински С., Сливяк В., Барабаш Б. "Оценка генетической дистанции между енотовидной собакой (Nyctereutes procyonoides) и другими представителями семейства Canidae" / Вестник ВОГиС, 2009, Том 13, № 3 С.647-654

4. Kauhala K., Saeki M. "Raccoon dog (Nyctereutes procyonoides)" in Sillero-Zubiri, C., Hoffmann, M. and Macdonald, D.W. (eds). 2004. Canids: Foxes, Wolves, Jackals and Dogs. Status Survey and Conservation Action Plan. IUCN/SSC Canid Specialist Group. Gland, Switzerland and Cambridge, UK. pp. 136-142

5. Wilson D. E., Reeder D. M. (editors). 2005. Mammal Species of the World. A Taxonomic and Geographic Reference (3rd ed), Johns Hopkins University Press, 2,142 pp.